Las descargas de aguas residuales y drenajes que el ingenio Plan de San Luis vierte al río Valles, contaminan de manera grave. Por ello, familias que han acudido a bañarse al afluente, se han enfermado de la piel, ya que esta industria no da tratamiento algunas las aguas que descarga.
Lo anterior se fundamenta en las denuncias de habitantes de poblados, donde se localizan los parajes como El Edén, Don Margarito, El Verde, San Pedro, La Morita, Micos, El Platanito, Santa Fe, El Ojital y Estación Micos, solicitando que la Secretaria de Salud en el Estado investigue al respecto.Mencionan que esto se debe también a la falta de lluvias, lo que ha provocado que descienda el nivel del río de manera alarmante al grado de que las piedras empiezan a aparecer al igual que manchas de residuos químicos, por las descargas del ingenio.
Señalan algunas personas que la descarga de aguas residuales del Ingenio y Colonia Obrera, los drenajes son arrojados de manera directa al río Valles, y se observa la construcción de una Planta Tratadora de Aguas, pero la obra se encuentra detenida por falta de recursos. Según el proyecto que se conoce, ésta debió ser terminada en su totalidad desde la pasada administración, pero se desconoce por qué quedó inconclusa.También hay testimonios de gente que ha realizado recorridos por la ribera del río, llegando hasta el ejido La Hincada, donde se encuentra el Ingenio Plan de San Luis, propiedad del Grupo Azucarero PIASA, los que señalan que esta fábrica genera grave contaminación al afluente en mención, porque la planta tratadora que debe tratar los desechos que genera la industria, sólo se quedó como un proyecto, pues nunca ha funcionado.
Se hizo la denuncia que las aguas residuales luego de tenerlas en lagunas de sedimentación las arrojan a un predio ubicado en el camino al ejido Puerta del Espíritu Santo, ahí también se aprecian cenizas que se encuentran a la intemperie a unos metros del río Valles, y parte de las aguas las utiliza para regar un campo demostrativo de caña, pero mencionan que estas aguas provocan que las cañas se sequen por completo, derivado al alto grado de contaminación de las mismas.
Ante esta grave situación, se exhorta por arte de los habitantes para que las autoridades como la Comisión Nacional del Agua, la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales y la Secretaría de Ecología y Gestión Ambiental, hagan su trabajo y no se presten a la corrupción, tomando en cuenta que está en riesgo la salud de la población, y a la vez aclaran, que no pretenden afectar al Ingenio Plan de San Luis, pero dicen que la industria sí puede —y debe— cumplir con las normas ambientales para dejar de contaminar el río Valles y trabajar dentro de la ley ambiental.
Según el proyecto que se conoce, ésta debió ser terminada en su totalidad desde la pasada administración, pero se desconoce por qué quedó inconclusa